Neben dem flächendeckenden Netz der Pfarreien waren die Klöster und Stifte die breiteste Schnittstelle von Kirche und Welt. Die Abfolge der Ordensgründungen und Reformbewegungen, die Teil europaweiter Prozesse waren, zeugt von der anhaltenden Aktualität und Attraktivität religiöser Gemeinschaftsbildung im Mittelalter.
In Folge der Schließung der Klöster nach Einführung der Reformation im albertinischen Sachsen im Jahr 1539 waren deren Bibliotheken durch Zerstörung und Raub bedroht. Dem landesherrlichen Engagement sowie dem kurzentschlossenem Handeln des damaligen Rektors der Universität Leipzig, Caspar Borner, ist es zu verdanken, dass zahlreiche Codices aus sächsischen Klöstern gerettet und von der Universität verwahrt werden konnten. Der umfangreiche Bestand der UBL an mittelalterlichen Handschriften und frühen Drucken geht in einem wesentlichen Teil auf diese Bibliotheksüberführungen, z.B. aus den Klöstern Altzelle, Buch, Chemnitz, Leipzig, Pirna und Pegau, zurück.
78 Klöster, Stifte und Komtureien bestanden im Gebiet des heutigen Freistaates Sachsen im Mittelalter und werden im Rahmen des Klosterbuches unter einer Vielzahl von Themenschwerpunkten erstmals grundlegend untersucht. Der Erforschung der Bibliotheken und Skriptorien der geistlichen Institutionen in ihrer Gesamtheit kommt dabei eine herausragende Stellung zu. Das Handschriftenzentrum der UBL beteiligt sich am Klosterbuch-Projekt mit Beiträgen zu zahlreichen Bibliotheken der geistlichen Gemeinschaften.